- Immunologie et Génétique des Maladies Parasitaires [Aix Marseille Université]
- Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques
- Information génomique et structurale
- Institut FRESNEL
- Institut Marseille Imaging
- Institut Pythéas
- Institut d'ethnologie méditerranéenne, européenne et comparative
- Institut d'histoire de la philosophie
- Institut de Biologie du Développement de Marseille
- Institut de Biosciences et Biotechnologies d'Aix-Marseille (ex-IBEB)
- Institut de Chimie Radicalaire
- Institut de Mathématiques de Marseille
- Institut de Neurobiologie de la Méditerranée [Aix-Marseille Université]
- Institut de Neurosciences de la Timone
- Institut de Neurosciences des Systèmes
- Institut de Recherche en Sciences de l'Information et de Communication
- Institut de Recherche sur les Phénomènes Hors Equilibre
- Institut de Recherches et d'Etudes sur les Mondes Arabes et Musulmans
- Institut de neurophysiopathologie
- Institut de recherche sur l'architecture antique
- Institut de recherche sur le maghreb contemporain
- Institut de recherches Asiatiques
- Institut des Matériaux, de Microélectronique et des Nanosciences de Provence
- Institut des Mondes Africains
- Institut des Sciences Moléculaires de Marseille
- Institut des Sciences du Mouvement Etienne Jules Marey
- Institut mediterranéen des sciences de l'information et de la communication
- Institut méditerranéen d'océanologie
- Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale
- Institut universitaire des systèmes thermiques industriels