J. D. Durrant and J. A. Mccammon, BMC Biology, vol.9, p.71, 2011.

S. L. Grand, A. W. Götz, and R. C. Walker, Comput. Phys. Commun, vol.184, pp.374-380, 2013.

J. R. Perilla, B. C. Goh, C. K. Cassidy, B. Liu, R. C. Bernardi et al., Current Opinion in Structural Biology, vol.31, pp.64-74, 2015.

T. Mori, N. Miyashita, W. Im, M. Feig, and Y. Sugita, Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Biomembranes, vol.1858, pp.1635-1651, 2016.

M. Schneider, X. Fu, and A. E. Keating, Proteins: Struct., Funct., Bioinf, vol.77, pp.97-110, 2009.

M. H. Olsson, C. R. Søndergaard, M. Rostkowski, and J. H. Jensen, J. Chem. Theory Comput, vol.7, pp.525-537, 2011.

G. M. Ullmann and E. Bombarda, Protein Modelling, pp.135-163, 2014.

L. Wang, L. Li, and E. Alexov, Proteins: Struct., Funct., Bioinf, vol.83, pp.2186-2197, 2015.

M. Gunner and N. Baker, Methods in Enzymology, pp.1-20, 2016.

E. Bombarda and G. M. Ullmann, Photochem. Photobiol, vol.93, pp.1388-1398, 2017.

G. B. Goh, J. L. Knight, and C. L. Brooks, J. Chem. Theory Comput, vol.8, pp.36-46, 2012.

J. M. Swails and A. E. Roitberg, J. Chem. Theory Comput, vol.8, pp.4393-4404, 2012.

J. M. Swails, D. M. York, and A. E. Roitberg, J. Chem. Theory Comput, vol.10, pp.1341-1352, 2014.

Y. Huang, W. Chen, J. A. Wallace, and J. Shen, J. Chem. Theory Comput, vol.12, pp.5411-5421, 2016.

J. Lee, B. T. Miller, A. Damjanovi´cdamjanovi´c, and B. R. Brooks, J. Chem. Theory Comput, vol.10, pp.2738-2750, 2014.

H. M. Senn and W. Thiel, Angew. Chem. Int. Ed, vol.48, pp.1198-1229, 2009.

C. Houriez, N. Ferré, M. Masella, and D. Siri, J. Chem. Phys, p.244504, 2008.

C. Houriez, N. Ferré, D. Siri, P. Tordo, and M. Masella, J. Phys. Chem. B, p.13616, 2010.

J. M. Olsen, K. Aidas, K. V. Mikkelsen, and J. Kongsted, J. Chem. Theory Comput, vol.6, pp.249-256, 2010.

C. V. Pagba, T. G. Mccaslin, G. Veglia, F. Porcelli, J. Yohannan et al., Nature Communications, vol.6, p.10010, 2015.

C. R. Cantor, P. R. Schimmel, B. Chemistry, I. Part, and W. H. Freeman, , p.49, 1980.

H. Hwang, T. G. Mccaslin, A. Hazel, C. V. Pagba, C. M. Nevin et al., J. Phys. Chem. B, vol.121, pp.3536-3545, 2017.

M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb et al., , 2016.

, GaussianËIJ16 Revision A.01, 2018.

F. Santoro, R. Improta, A. Lami, J. Bloino, and V. Barone, J. Chem. Phys, p.84509, 2007.

F. Santoro, A. Lami, R. Improta, J. Bloino, and V. Barone, J. Chem. Phys, 2008.

D. A. Case, R. M. Betz, D. S. Cerutti, T. E. Cheatham, T. A. Darden et al., , 2016.

J. A. Maier, C. Martinez, K. Kasavajhala, L. Wickstrom, K. E. Hauser et al., Journal of Chemical Theory and Computation, vol.11, pp.3696-3713, 2015.

S. G. Itoh, A. Damjanovi´cdamjanovi´c, and B. R. Brooks, Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, vol.79, pp.3420-3436, 2011.

N. Ferré and J. G. Ángyán, Chem. Phys. Lett, vol.356, pp.331-339, 2002.

M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb et al., , 2009.

M. Barbatti, M. Ruckenbauer, F. Plasser, J. Pittner, G. Granucci et al., Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science, vol.4, pp.26-33, 2014.

M. Barbatti, G. Granucci, M. Ruckenbauer, F. Plasser, R. Crespo-otero et al., NEWTON-X: a package for Newtonian dynamics close to the crossing seam, 2015.

M. Barbatti, G. Granucci, M. Persico, M. Ruckenbauer, M. Vazdar et al., J. Photochem. Photobiol. A, vol.190, pp.228-240, 2007.

B. A. Barry, , 2017.

O. B. Morozova, A. V. Yurkovskaya, H. Vieth, and R. Z. Sagdeev, J. Phys. Chem. B, vol.107, pp.1088-1096, 2003.

S. Y. Reece, J. Stubbe, and D. G. Nocera, Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Bioenergetics, vol.1706, pp.232-238, 2005.

M. Mangold, L. Rolland, F. Costanzo, M. Sprik, M. Sulpizi et al., J. Chem. Theory Comput, 1951.

J. G. Radziszewski, M. Gil, A. Gorski, J. Spanget-larsen, J. Waluk et al., J. Chem. Phys, vol.115, pp.9733-9738, 2001.

A. Onufriev, D. A. Case, and G. M. Ullmann, Biochemistry, vol.40, pp.3413-3419, 2001.

H. N. Po and N. M. Senozan, J. Chem. Educ, p.1499, 2001.

E. Bombarda and G. M. Ullmann, J. Phys. Chem. B, vol.114, 1994.

A. Onufriev and G. M. Ullmann, J. Phys. Chem. B, vol.108, pp.11157-11169, 2004.

R. Ghanem, Y. Xu, J. Pan, T. Hoffmann, J. Andersson et al., Inorganic Chemistry, vol.41, pp.6258-6266, 2002.

R. P. Mason, Redox Biol, vol.8, pp.422-429, 2016.