V. Massey and F. J. , , vol.9, pp.473-475, 1995.

I. Chaves, R. Pokorny, M. Byrdin, N. Hoang, T. Ritz et al., A. Batschauer and M. Ahmad, vol.62, pp.335-364, 2011.

A. Sancar, Chem. Rev, vol.103, pp.2203-2237, 2003.

P. Sampathkumar, S. Turley, J. E. Ulmer, R. H. , C. H. Sibley et al., J. Mol. Biol, vol.352, pp.1091-1104, 2005.

H. Myllykallio, G. Lipowski, D. Leduc, J. Filee, P. Forterre et al., Science, vol.297, pp.105-107, 2002.

E. Gross, K. D. , C. A. Kaiser, and D. Fass, Cell, vol.117, pp.601-610, 2004.

K. R. Marshall, M. Gong, L. Wodke, J. H. Lamb, D. J. Jones et al., J. Biol. Chem, vol.280, pp.30735-30740, 2005.

I. A. Solovy'ov, T. Domratcheva, A. R. Shahi, and K. Schulten, J. Am. Chem. Soc, vol.134, pp.18046-18052, 2012.

C. T. Rodgers and P. Hore, Proc. Nat. Acad. Sci, vol.106, pp.353-360, 2009.

T. Ritz, S. Adem, and K. Schulten, BioPhys. J, vol.78, pp.707-718, 2000.

Y. Kao, C. Saxena, T. He, L. Guo, L. Wang et al., J. Am. Chem. Soc, vol.130, pp.13132-13139, 2008.

F. Cailliez, P. Müller, M. Gallois, and A. De-la-lande, J. Am. Chem. Soc, vol.136, pp.12974-12986, 2014.

R. J. Gegear, L. E. Foley, A. Casselman, and S. M. Reppert, Nature, vol.463, pp.804-807, 2009.

T. Ritz, R. Wiltschko, P. Hore, C. T. Rodgers, K. Stapput et al., Biophys. J, vol.96, pp.3451-3457, 2009.

N. Christine, D. Susanne, S. Katrin, A. Margaret, P. Leo et al., J. Royal Soc. Interface, issue.10, 2013.

D. R. Kattnig, J. Phys. Chem. B, vol.121, pp.10215-10227, 2017.

D. R. Kattnig and P. J. Hore, , vol.7, pp.11640-11650, 2017.

P. Müller and M. Ahmed, J. Biol. Chem, vol.286, pp.21033-21040, 2011.

L. Arthaut, N. Jourdan, A. Mteyrek, M. Procopio, M. Elesawi et al., PLOS ONE, vol.12, pp.1-15, 2017.

L. Van-wilderen, G. Silkstone, M. Mason, J. J. Van-thor, and M. T. Wilson, FEBS open bio, vol.5, pp.885-892, 2015.

H. J. Hogben, O. Efimova, N. Wagner-rundell, C. R. Timmel, and P. J. Hore, Chem. Phys. Lett, vol.480, pp.118-122, 2009.

R. Baron, C. Riley, P. Chenprakhon, K. Thotsaporn, R. T. Winter et al., Proc. Nat. Acad. Sci, vol.106, pp.10603-10608, 2009.

B. Giovani, M. Byrdin, M. Ahmad, and K. Brettel, Nat. Struct. Biol, vol.10, pp.489-490, 2003.

R. Banerjee, E. Schleicher, S. Kacprzak, J. P. Bouly, M. Picot et al., J. Biol. Chem, vol.282, pp.14916-14922, 2007.

A. Berndt, T. Kottke, H. Breitkreuz, R. Dvorsky, S. Hennig et al., J. Biol. Chem, vol.282, pp.13011-13021, 2007.

V. Massey, J. Biol. Chem, vol.269, pp.22459-22462, 1994.

J. Chai and M. Head-gordon, Phys. Chem. Chem. Phys, vol.10, pp.6615-6620, 2008.

M. M. Francl, W. J. Pietro, W. J. Hehre, J. S. Binkley, M. S. Gordon et al., J. Chem. Phys, vol.77, pp.3654-3665, 1982.

H. J. Berendsen, D. Van-der-spoel, and R. Van-drunen, Comput. Phys. Commun, vol.91, pp.43-56, 1995.

A. D. Mackerell, M. Feig, and C. L. Brooks, J. Comput. Chem, vol.25, pp.1400-1415, 2004.

P. Bjelkmar, P. Larsson, M. A. Cuendet, B. Hess, and E. Lindahl, J. Chem. Theo. Comput, vol.6, pp.459-466, 2010.

K. Vanommeslaeghe, E. Hatcher, C. Acharya, S. Kundu, S. Zhong et al., MacKerell (Jr.), J. Comp. Chem, pp.671-690, 2010.

M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb et al., , 2016.

A. D. , D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack, ). Jr et al., J. Phys. Chem. B, vol.102, pp.3586-3616, 1998.

F. Autenreith, J. Tajkhorshid, E. Baudry, and Z. Lutheyschulten, J. Comp. Chem, vol.25, pp.1613-1622, 2004.

B. O. Roos, V. Veryazov, and P. Widmark, Theor. Chem. Acc, vol.111, pp.345-351, 2004.

F. Aquilante, J. Autschbach, R. K. Carlson, L. F. Chibotaru, M. G. Delcey et al.,

L. Frutos, M. Gagliardi, A. Garavelli, C. E. Giussani, G. L. Hoyer et al., J. Comput. Chem, p.506, 2016.

N. Baker, D. Sept, S. Joseph, M. J. Holst, and M. J. , Proc. Nat. Acad. Sci, vol.98, pp.10037-10041, 2001.

W. Humphrey, A. Dalke, and K. Schulten, J. Molec. Graphics, vol.14, pp.33-38, 1996.

B. Paulus, C. Bajzath, F. Melin, L. Heidinger, V. Kromm et al., FEBS Journal, vol.282, pp.3175-3189, 2015.

G. Hong and R. Pachter, J. Phys. Chem. B, vol.119, pp.3883-3892, 2015.

P. J. Hore, Annu. Rev. BioPhys, vol.45, pp.299-344, 2016.

O. Efimova and P. J. Hore, BioPhys. J, vol.94, pp.1565-1574, 2008.

E. Cannuccia, O. Pulci, R. D. Sole, and M. Cascella, Chem. Phys, vol.389, pp.35-38, 2011.