J. Lin and E. Lai, Methods Mol. Biol. Clifton NJ, p.211, 2017.

C. Lee, Methods Mol. Biol. Clifton NJ, vol.362, p.401, 2007.

O. Puig, F. Caspary, G. Rigaut, B. Rutz, E. Bouveret et al., 456 B. Séraphin, Methods, vol.24, p.218, 2001.

G. Rigaut, A. Shevchenko, B. Rutz, M. Wilm, M. Mann et al., Nat. Biotechnol, vol.458, p.1030, 1999.

J. Mehla, J. H. Caufield, N. Sakhawalkar, P. Uetz, and M. Enzymol, , vol.586, p.460, 2017.

A. Battesti and E. Bouveret, Methods, vol.58, p.325, 2012.

S. Fields and O. Song, Nature, vol.340, p.245, 1989.

G. Karimova, J. Pidoux, A. Ullmann, and D. Ladant, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, vol.463, p.5752, 1998.

G. Karimova, N. Dautin, and D. Ladant, J. Bacteriol, vol.187, 2005.

G. Karimova, E. Gauliard, M. Davi, S. P. Ouellette, and D. Ladant, Methods Mol. Biol, p.466

N. J. Clifton, , p.159, 2017.

, Methods Mol. Biol. Clifton NJ, p.177, 2017.

J. Mehla, J. H. Caufield, and P. Uetz, Cold Spring Harb. Protoc, vol.425, p.469, 2015.

S. P. Ouellette, G. Karimova, M. Davi, and D. Ladant, Curr. Protoc. Mol. Biol, vol.118, pp.470-490, 2017.

F. Hennecke, A. Müller, R. Meister, A. Strelow, and S. Behrens, Protein Eng. Des. Sel. 472 PEDS, vol.18, p.477, 2005.

W. P. Russ and D. M. Engelman, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, vol.96, p.474, 1999.

D. Schneider and D. M. Engelman, J. Biol. Chem, vol.278, p.3105, 2003.

F. Festy, S. M. Ameer-beg, T. Ng, and K. Suhling, Mol. Biosyst, vol.3, pp.381-476, 2007.

R. Roy, S. Hohng, and T. Ha, Nat. Methods, vol.5, p.507, 2008.

H. J. Carlson and R. E. Campbell, Curr. Opin. Biotechnol, 2009.

L. He, T. D. Bradrick, T. S. Karpova, X. Wu, M. H. Fox et al.,

R. Knutson, A. C. Grammer, and P. E. Lipsky, Cytom. Part J. Int. Soc. Anal. Cytol, vol.53, p.28, 1971.

B. A. Pollok and R. Heim, Trends Cell Biol, vol.9, p.57, 1999.

B. Hochreiter, A. P. Garcia, and J. A. Schmid, Sensors, 2015.

K. Okamoto and Y. Sako, Curr. Opin. Struct. Biol, vol.46, p.16, 2017.

T. Branon, S. Han, and A. Ting, Biochemistry, 2017.

A. Brückner, C. Polge, N. Lentze, D. Auerbach, and U. Schlattner, Int. J. Mol. Sci, vol.486, p.2763, 2009.

S. J. Leavesley and T. C. Rich, Cytom. Part J. Int. Soc. Anal. Cytol, vol.89, p.488, 2016.

E. Choi-rhee, H. Schulman, and J. E. Cronan, Protein Sci. Publ. Protein Soc, vol.489, p.3043, 2004.

J. E. Cronan, J. Nutr. Biochem, vol.16, p.416, 2005.

A. Chapman-smith and J. E. Cronan, Trends Biochem. Sci, vol.24, p.359, 1999.

S. J. Li and J. E. Cronan, J. Biol. Chem, p.855, 1992.

K. Kwon and D. Beckett, Protein Sci. Publ. Protein Soc, vol.9, p.1530, 2000.

D. I. Kim, K. C. Birendra, W. Zhu, K. Motamedchaboki, V. Doye et al., Proc

K. J. Roux, D. I. Kim, M. Raida, B. G. Burke-;-d, K. J. May et al., Methods Mol. Biol. Clifton NJ, p.83, 2008.

K. J. Roux, D. I. Kim, B. Burke, and D. G. May, Curr. Protoc. Protein Sci, pp.499-518, 2018.

L. T. Oostdyk, L. Shank, K. Jividen, N. Dworak, N. E. Sherman et al., , p.501

, Methods San Diego, 2018.

D. I. Kim, S. C. Jensen, K. A. Noble, B. Kc, K. H. Roux et al., , p.503

. Roux, Mol. Biol. Cell, vol.27, p.1188, 2016.

S. D. Munter, J. Görnemann, R. Derua, B. Lesage, J. Qian et al., , p.415, 2017.

T. C. Branon, J. A. Bosch, A. D. Sanchez, N. D. Udeshi, T. Svinkina et al., , p.507

N. Feldman, A. Y. Perrimon, and . Ting, Nat. Biotechnol, vol.36, p.880, 2018.

W. Xie, A. Chojnowski, T. Boudier, J. S. Lim, S. Ahmed et al., , vol.509

. Burke, Curr. Biol. CB, vol.26, p.2651, 2016.

C. James, M. Müller, M. W. Goldberg, C. Lenz, H. Urlaub et al., J. Biol

. Chem, , 2019.

J. Dong, F. P. Tay, H. L. Swa, J. Gunaratne, T. Leung et al., , p.513

, Sci. Signal, vol.9, p.4, 2016.

G. D. Gupta, É. Coyaud, J. Gonçalves, B. A. Mojarad, Y. Liu et al.,

D. Gheiratmand, J. M. Comartin, S. W. Tkach, M. Cheung, M. Bashkurov et al.,

Z. Knight, M. Lin, F. Schueler, J. Hildebrandt, A. Moffat et al., , p.517

. Pelletier, Cell, vol.163, p.1484, 2015.

A. Cole, Z. Wang, E. Coyaud, V. Voisin, M. Gronda et al.,

S. Hurren, N. Babovic, I. Maclean, X. Restall, D. V. Wang et al.,

S. Prabha, A. Bashir, E. Ramakrishnan, Y. H. Leung, N. Qia et al.,

F. Ketela, W. A. Lin, A. Houry, R. Aman, W. Al-awar et al., J, p.522

J. C. Dick, J. Wang, M. D. Moffat, C. J. Minden, G. D. Eaves et al., , p.523

B. Kornblau, A. D. Raught, and . Schimmer, Cancer Cell, vol.27, p.864, 2015.

S. Konovalova, X. Liu, P. Manjunath, S. Baral, N. Neupane et al.,

M. Balboa, L. Terzioglu, M. Euro, H. Varjosalo, and . Tyynismaa, Redox Biol, vol.19, p.526, 2018.

C. A. Lamb, S. Nühlen, D. Judith, D. Frith, A. P. Snijders et al., 527 EMBO J, vol.35, p.281, 2016.

A. Caballe, D. M. Wenzel, M. Agromayor, S. L. Alam, J. J. Skalicky et al., , p.529

L. Carlton, W. I. Labrador, J. Sundquist, and . Martin-serrano, , vol.4, 2015.

K. Jacquet, S. L. Banerjee, F. J. Chartier, S. Elowe, and N. Bisson, Mol. Cell, p.531

, Proteomics, vol.17, 1979.

C. Yeh, É. Coyaud, M. Bashkurov, P. Van-der-lelij, S. W. Cheung et al., , p.533

L. Raught and . Pelletier, Curr. Biol. CB, vol.25, p.2290, 2015.

P. V'kovski, M. Gerber, J. Kelly, S. Pfaender, N. Ebert et al.,

J. Simillion, H. Portmann, V. Stalder, R. Gaschen, M. H. Bruggmann et al., , p.536

V. Dijkman and . Thiel, , vol.8, 2019.

M. Ramanathan, K. Majzoub, D. S. Rao, P. H. Neela, B. J. Zarnegar et al., , p.538

H. Roth, J. R. Gai, Z. Kovalski, T. D. Siprashvili, J. E. Palmer et al., Nat. 539 Methods, vol.15, p.207, 2018.

R. J. Austin, T. Xia, J. Ren, T. T. Takahashi, and R. W. Roberts, J. Am. Chem. Soc, vol.541, p.10966, 2002.

B. Conlan, T. Stoll, J. J. Gorman, I. Saur, and J. P. Rathjen, Front. Plant Sci, vol.9, p.1882, 2018.

A. Mair, S. Xu, T. C. Branon, A. Y. Ting, and D. C. Bergmann, , vol.8, 2019.

A. Uezu, D. J. Kanak, T. W. Bradshaw, E. J. Soderblom, C. M. Catavero et al., , p.547

R. J. Burette, S. H. Weinberg, and . Soderling, Science, vol.353, p.1123, 2016.

J. D. Martell, T. J. Deerinck, Y. Sancak, T. L. Poulos, V. K. Mootha et al., , p.549

M. H. Ellisman and A. Y. Ting, Nat. Biotechnol, 1143.

H. Rhee, P. Zou, N. D. Udeshi, J. D. Martell, V. K. Mootha et al.,

. Ting, Science, p.339, 1328.

N. D. Udeshi, K. Pedram, T. Svinkina, S. Fereshetian, S. A. Myers et al.,

K. Krug, D. Clauser, T. Ryan, V. K. Ast, A. Y. Mootha et al., Nat. Methods, 2017.

V. Hung, N. D. Udeshi, S. S. Lam, K. H. Loh, K. J. Cox et al., , p.556

. Ting, Nat. Protoc, p.456, 2016.

S. S. Lam, J. D. Martell, K. J. Kamer, T. J. Deerinck, and M. H. Ellisman, Nat. Methods, vol.12, p.51, 2014.

Y. Han, T. C. Branon, J. D. Martell, D. Boassa, D. Shechner et al., ACS Chem. Biol, vol.560, 2019.

X. D. Gao, L. Tu, A. Mir, T. Rodriguez, Y. Ding et al., , vol.562

L. J. Shaffer, S. A. Zhu, E. J. Wolfe, and . Sontheimer, Nat. Methods, 2018.

S. A. Myers, J. Wright, R. Peckner, B. T. Kalish, F. Zhang et al., Nat. Methods, vol.565, p.437, 2018.

C. Chen, Y. Hu, N. D. Udeshi, T. Y. Lau, F. Wirtz-peitz et al., , vol.567

N. Carr and . Perrimon, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, vol.112, p.12093, 2015.

V. Hung, P. Zou, H. Rhee, N. D. Udeshi, V. Cracan et al., , p.569

A. Y. Mootha and . Ting, Mol. Cell, vol.55, p.332, 2014.

S. Lee, M. Kang, J. Park, G. Lee, A. Y. Ting et al., Cell Rep, vol.571, p.1837, 2016.

D. U. Mick, R. B. Rodrigues, R. D. Leib, and C. M. Adams, Dev. Cell, vol.35, p.497, 2015.

J. Hwang and P. J. Espenshade, Biochem. J, vol.473, p.2463, 2016.

S. Han, N. D. Udeshi, T. J. Deerinck, T. Svinkina, M. H. Ellisman et al., , p.576

. Ting, Cell Chem. Biol, p.404, 2017.

B. T. Lobingier, R. Hüttenhain, K. Eichel, K. B. Miller, A. Y. Ting et al., , vol.169, p.350, 2017.

J. Paek, M. Kalocsay, D. P. Staus, L. Wingler, R. Pascolutti et al., , vol.169, p.338, 2017.

P. Kaewsapsak, D. M. Shechner, W. Mallard, J. L. Rinn, and A. Y. Ting, , vol.6, 2017.

F. M. Fazal, S. Han, K. R. Parker, P. Kaewsapsak, J. Xu et al.,

A. Y. Chang and . Ting, Cell, 2019.

A. Padrón, S. Iwasaki, and N. T. Ingolia, Mol. Cell, vol.75, p.875, 2019.

Y. Zhou, G. Wang, P. Wang, Z. Li, T. Yue et al., Angew. Chem. Int. Ed, vol.587, issue.2019

M. S. Dickinson, L. N. Anderson, B. M. Webb-robertson, J. R. Hansen, and R. D. ,

A. T. Smith, K. Wright, and . Hybiske, PLoS Pathog, 2019.

E. A. Rucks, M. G. Olson, L. M. Jorgenson, R. R. Srinivasan, and S. P. Ouellette, Front. 591 Cell. Infect. Microbiol, vol.7, p.40, 2017.

M. G. Olson, L. M. Jorgenson, R. E. Widner, and E. A. Rucks, Methods Mol. Biol. Clifton, vol.593, p.245, 2019.

M. G. Olson, R. E. Widner, L. M. Jorgenson, A. Lawrence, D. Lagundzin et al.,

S. P. Woods, E. A. Ouellette, and . Rucks, Infect. Immun, 2019.

U. S. Ganapathy, L. Bai, L. Wei, K. A. Eckartt, C. M. Lett et al., J. C. Seeliger, ACS Infect. Dis, 0918.

Á. Ástvaldsson, K. Hultenby, S. G. Svärd, and J. Jerlström-hultqvist,

Y. G. Santin, T. Doan, R. Lebrun, L. Espinosa, L. Journet et al.,

. Microbiol, , 1304.

Y. Akhter and S. Thakur, Microbiol. Res, vol.204, p.9, 2017.

M. J. Pearce, J. Mintseris, J. Ferreyra, S. P. Gygi, and K. H. Darwin, Science, vol.322, p.1104, 2008.

F. Striebel, F. Imkamp, D. Özcelik, and E. Weber-ban, Biochim. Biophys. Acta, p.103, 2014.

J. Barandun, C. L. Delley, and E. Weber-ban, BMC Biol, vol.10, p.95, 2012.

M. I. Samanovic and K. H. Darwin, Trends Microbiol, 2016.

E. Guth, M. Thommen, and E. Weber-ban, J. Biol. Chem, p.4412, 2011.

F. Striebel, F. Imkamp, M. Sutter, M. Steiner, A. Mamedov et al., Nat. 611 Struct. Mol. Biol, vol.16, p.647, 2009.

T. Wang, K. H. Darwin, and H. Li, Nat. Struct. Mol. Biol, p.1352, 2010.

Q. Liu, J. Zheng, W. Sun, Y. Huo, L. Zhang et al., Nat. 614 Methods, vol.15, p.715, 2018.

S. Urlinger, U. Baron, M. Thellmann, M. T. Hasan, H. Bujard et al., Proc. Natl, p.616

. Acad and . U. Sci, , vol.97, p.7963, 2000.

L. A. Banaszynski, C. W. Liu, and T. J. Wandless, J. Am. Chem. Soc, vol.127, p.618, 2005.

D. I. Kim, J. A. Cutler, C. H. Na, S. Reckel, S. Renuse et al., , p.619

H. L. Goldschmidt, K. L. Reddy, R. L. Huganir, X. Wu, N. E. Zachara et al.,

J. P. Pandey and . Res, , 2017.

J. A. Groves, A. O. Maduka, R. N. O'meally, R. N. Cole, and N. E. Zachara, J. Biol. 622 Chem, p.6493, 2017.

N. Opitz, K. Schmitt, V. Hofer-pretz, B. Neumann, H. Krebber et al., , p.624

. Valerius, Mol. Cell. Proteomics MCP, vol.16, p.2199, 2017.

J. A. Ankney, A. Muneer, and X. Chen, Annu. Rev. Anal. Chem. Palo Alto, vol.626, p.49, 2018.

A. Azhar, G. W. Booker, and S. W. Polyak, Biochem. Anal. Biochem, vol.4, p.628, 2015.

M. Larochelle, D. Bergeron, B. Arcand, and F. Bachand, J. Cell Sci, vol.132, 2019.

Y. Zhang, G. Song, N. K. Lal, U. Nagalakshmi, Y. Li et al.,

A. Y. Branon, J. W. Ting, S. P. Walley, and . Dinesh-kumar, Nat. Commun, vol.10, p.632, 2019.

K. H. Loh, P. S. Stawski, A. S. Draycott, N. D. Udeshi, E. K. Lehrman et al., , p.633

T. Svinkina, T. J. Deerinck, M. H. Ellisman, B. Stevens, S. A. Carr et al., Cell, p.1295, 2016.

N. Kotani, J. Gu, T. Isaji, K. Udaka, N. Taniguchi et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U. 636 S. A, p.7405, 2008.

K. Honke, A. Miyagawa-yamaguchi, and N. Kotani, Methods Mol. Biol. Clifton NJ, 2001.

J. S. Rees, Methods Mol. Biol. Clifton NJ, p.13, 2008.

J. S. Rees, X. Li, S. Perrett, K. S. Lilley, and A. P. Jackson, Curr. Protoc. Protein Sci, vol.641, pp.19-27, 2015.

X. Li, J. S. Rees, P. Xue, H. Zhang, S. W. Hamaia et al.,

W. Farndale, K. S. Lilley, S. Perrett, and A. P. Jackson, J. Biol. Chem, vol.289, 2014.

D. B. Beck and R. Bonasio, Curr. Protoc. Chem. Biol, vol.9, p.128, 2017.

Z. B. Hill, S. B. Pollock, M. Zhuang, and J. A. Wells, J. Am. Chem. Soc, vol.138, 2016.

M. Zhuang, S. Guan, H. Wang, A. L. Burlingame, and J. A. Wells, Mol. Cell, vol.647, p.273, 2013.

B. Van-steensel and S. Henikoff, Nat. Biotechnol, vol.18, p.424, 2000.

F. Cléard, F. Karch, and R. K. Maeda, Methods Mol. Biol. Clifton NJ, vol.279, p.650, 1196.

V. Visone, W. Han, G. Perugino, G. Monaco, Q. She et al., , p.651

. Ciaramella, PloS One, vol.12, p.185791, 2017.

P. V. Escribá, X. Busquets, J. Inokuchi, G. Balogh, Z. Török et al., , p.653

L. Harwood and . Vígh, Prog. Lipid Res, vol.59, p.38, 2015.