Une approche basée sur l'ASP pour détecter des attracteurs dans les réseaux booléens circulaires
Résumé
En biologie, les réseaux booléens sont traditionnellement utilisés pour représenter et simuler les réseaux de régulation de gènes. Les attracteurs font l'objet d'une attention particulière dans l'analyse de la dynamique d'un réseau Booléen. Ils correspondent à des états stables et à des cycles stables, qui jouent un rôle crucial dans les systèmes biologiques.Dans ce travail, nous étudions une nouvelle représentation de la dynamique des réseaux Booléens qui est basée sur une nouvelle sémantique utilisée dans la programmation par ensemble réponse (Answer Set Programming, ASP). Notre méthode est axé sur l'énumération de tous les attracteurs de réseaux Booléens asynchrones pour les graphes d'interaction circulaires. Nous montrons que la sémantique utilisée permet de concevoir une nouvelle approche pour calculer de manière exhaustive les cycles stables et les états stables de tels réseaux. L'énumération de tous les attracteurs et la distinction entre les deux types d'attracteurs est une étape notable pour mieux comprendre certains aspects critiques en biologie. Nous avons appliqué et évalué l'approche proposée sur des réseaux booléens générés aléatoirement. Les résultats obtenus mettent en évidence les avantages de cette approche et correspondent à certains résultats démontrés en biologie.
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)