A proteome-scale map of the SARS-CoV-2–human contactome - Aix-Marseille Université Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Nature Biotechnology Année : 2023

A proteome-scale map of the SARS-CoV-2–human contactome

Dae-Kyum Kim
  • Fonction : Auteur
Benjamin Weller
Chung-Wen Lin
  • Fonction : Auteur
Dayag Sheykhkarimli
Jennifer Knapp
Guillaume Dugied
Carles Pons
  • Fonction : Auteur
Marie Tofaute
Sibusiso Maseko
  • Fonction : Auteur
Kerstin Spirohn
Florent Laval
Luke Lambourne
Nishka Kishore
  • Fonction : Auteur
Ashyad Rayhan
  • Fonction : Auteur
Mayra Sauer
  • Fonction : Auteur
Veronika Young
Hridi Halder
  • Fonction : Auteur
Nora Marín-De La Rosa
  • Fonction : Auteur
Oxana Pogoutse
  • Fonction : Auteur
Alexandra Strobel
  • Fonction : Auteur
Patrick Schwehn
  • Fonction : Auteur
Roujia Li
  • Fonction : Auteur
Simin Rothballer
  • Fonction : Auteur
Melina Altmann
  • Fonction : Auteur
Patricia Cassonnet
  • Fonction : Auteur
Atina Coté
  • Fonction : Auteur
Lena Elorduy Vergara
  • Fonction : Auteur
Isaiah Hazelwood
  • Fonction : Auteur
Betty Liu
  • Fonction : Auteur
Maria Nguyen
  • Fonction : Auteur
Ramakrishnan Pandiarajan
  • Fonction : Auteur
Bushra Dohai
  • Fonction : Auteur
Patricia Coloma
  • Fonction : Auteur
Juline Poirson
Paolo Giuliana
Luc Willems
  • Fonction : Auteur
Mikko Taipale
Yves Jacob
Tong Hao
David Hill
Christine Brun
Jean-Claude Twizere
  • Fonction : Auteur
Daniel Krappmann
Matthias Heinig
  • Fonction : Auteur
Claudia Falter
  • Fonction : Auteur
Patrick Aloy
  • Fonction : Auteur
Caroline Demeret
  • Fonction : Auteur
Marc Vidal
  • Fonction : Auteur
Michael Calderwood
Frederick Roth
Pascal Falter-Braun

Résumé

AbstractUnderstanding the mechanisms of coronavirus disease 2019 (COVID-19) disease severity to efficiently design therapies for emerging virus variants remains an urgent challenge of the ongoing pandemic. Infection and immune reactions are mediated by direct contacts between viral molecules and the host proteome, and the vast majority of these virus–host contacts (the ‘contactome’) have not been identified. Here, we present a systematic contactome map of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) with the human host encompassing more than 200 binary virus–host and intraviral protein–protein interactions. We find that host proteins genetically associated with comorbidities of severe illness and long COVID are enriched in SARS-CoV-2 targeted network communities. Evaluating contactome-derived hypotheses, we demonstrate that viral NSP14 activates nuclear factor κB (NF-κB)-dependent transcription, even in the presence of cytokine signaling. Moreover, for several tested host proteins, genetic knock-down substantially reduces viral replication. Additionally, we show for USP25 that this effect is phenocopied by the small-molecule inhibitor AZ1. Our results connect viral proteins to human genetic architecture for COVID-19 severity and offer potential therapeutic targets.
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Origine : Publication financée par une institution

Dates et versions

hal-03832174 , version 1 (13-01-2023)

Identifiants

Citer

Dae-Kyum Kim, Benjamin Weller, Chung-Wen Lin, Dayag Sheykhkarimli, Jennifer Knapp, et al.. A proteome-scale map of the SARS-CoV-2–human contactome. Nature Biotechnology, 2023, 41 (1), pp.140-149. ⟨10.1038/s41587-022-01475-z⟩. ⟨hal-03832174⟩

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