Journal articles
The Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses
Olivier Raymond
1
Jerome Gouzy
2
Jérémy Just
1
Hélène Badouin
2, 3
Marion Verdenaud
1
Arnaud Lemainque
4
Philippe Vergne
1
Sandrine Moja
5
Nathalie Choisne
6
Caroline Pont
7
Sébastien Carrere
2
Jean-Claude Caissard
5
Arnaud Couloux
8
Ludovic Cottret
9
Jean-Marc Aury
8
Judit Szécsi
1
David Latrasse
10
Mohammed Madoui
10
Léa Francois
1
Xiaopeng Fu
11
Shu-Hua Yang
Annick Dubois
1
Florence Piola
12
Antoine Larrieu
1
Magali Perez
10
Karine Labadie
8
Lauriane Perrier
1
Benjamin Govetto
13
Yoan Labrousse
13
Priscilla Villand
1
Claudia Bardoux
1
Véronique Boltz
1
Celine Lopez-Roques
Pascal Heitzler
14
Teva Vernoux
1
Michiel Vandenbussche
1
Hadi Quesneville
6
Adnane Boualem
10
Abdelhafid Bendahmane
10
Chang Liu
15
Manuel Le Bris
13
Jérôme Salse
7
Sylvie Baudino
5
Moussa Benhamed
10
Patrick Wincker
8
Mohammed Bendahmane
1
Olivier Raymond 1
Author
Jerome Gouzy 2
Author IdHAL : jerome-gouzy ORCID : https://orcid.org/0000-0001-5695-4557
Jérémy Just 1
Author IdHAL : jeremy-just ORCID : https://orcid.org/0000-0003-0842-9808
Hélène Badouin 2, 3
Author IdHAL : helene-badouin ORCID : https://orcid.org/0000-0002-2456-5968
Nathalie Choisne 6
Author
Caroline C. Pont 7
Author
Sébastien Carrere 2
Author IdHAL : sebastien-carrere ORCID : https://orcid.org/0000-0002-2348-0778
Jean-Claude Caissard 5
Author IdHAL : jean-claude-caissard ORCID : https://orcid.org/0000-0001-7938-3101
Shu-Hua Yang
Author
Annick Dubois 1
Author Employer institution : Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement IdHAL : annick-dubois-maheo
Florence Piola 12
Author
Antoine Larrieu 1
Author
Yoan Labrousse 13
Author
Priscilla Villand 1
Author
Claudia Bardoux 1
Author
Véronique Boltz 1
Author
Celine Lopez-Roques
Author
Pascal Heitzler 14
Author
Teva Vernoux 1
Author IdHAL : teva-vernoux ORCID : https://orcid.org/0000-0002-8257-4088
Michiel Vandenbussche 1
Author IdHAL : michiel-vandenbussche ORCID : https://orcid.org/0000-0002-4192-7369
Hadi Quesneville 6
Author IdHAL : hadi-quesneville ORCID : https://orcid.org/0000-0003-3001-4908
Adnane Boualem 10
Author
Abdelhafid Bendahmane 10
Author
Chang Liu 15
Author
Manuel Le Bris 13
Author IdHAL : manuel-le-bris
Jérôme Salse 7
Author Employer institution : Institut National de la Recherche Agronomique
Sylvie Baudino 5
Author
Moussa Benhamed 10
Author
Patrick Wincker 8
Author
Mohammed Bendahmane 1
Author
1
RDP - Reproduction et développement des plantes (bat. LR5 46 Allée d'Italie 69364 LYON CEDEX 07 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5667 (France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UR0879 (France)
- ENS Lyon - École normale supérieure - Lyon (15 parvis René Descartes - BP 7000 - 69342 Lyon Cedex 07 - France)
2
LIPM - Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (Chemin de Borde-Rouge - BP 27 31326 CASTANET TOLOSAN CEDEX - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR0441 (France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR2594 (France)
3
Sexe et évolution (LBBE
43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- PEGASE - Département PEGASE [LBBE] (LBBE
43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
4
CNG - Centre National de Génotypage (Centre National de Génotypage 2 rue Gaston Crémieux CP5721 91057 EVRY Cedex - France)
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives : DSV/IG (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France)
5
LBVPAM - Laboratoire de Biotechnologies Végétales appliquées aux Plantes Aromatiques et Médicinales (23, rue Paul Michelon 42023 ST ETIENNE CEDEX 2 - France)
- UJM - Université Jean Monnet [Saint-Étienne] : EA3061 (10 rue Tréfilerie - 42100 Saint-Étienne - France)
6
URGI - Unité de Recherche Génomique Info (INRA, Centre de recherche de Versailles, bat.18 Route de Saint Cyr 78000 Versailles - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UR1164 (France)
7
GDEC - Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (Site INRAE Crouël : 5, Chemin de Beaulieu, 63039 Clermont-Ferrand // Site Clermont : Campus Universitaire des Cézeaux, TSA 60026, 1 Impasse Amélie Murat, 63178 Aubière - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR1095 (France)
- UCA [2017-2020] - Université Clermont Auvergne [2017-2020] : UMR1095 (49, bd François-Mitterrand / CS 60032 / 63001 Clermont-Ferrand Cedex 1 - France)
8
GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (2, rue Gaston Crémieux CP5706 91057 EVRY Cedex - France)
- Université Paris-Saclay (Espace Technologique, Bat. Discovery - RD 128 - 2e ét., 91190 Saint-Aubin - France)
- DRF (CEA) - Direction de Recherche Fondamentale (CEA) : DRF/JACOB (Direction de Recherche Fondamentale
Fundamental Research Division
CEA Saclay
91191 Gif-sur-Yvette
- France)
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France)
10
IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403) - Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (Institute of Plant Sciences - Paris-Saclay
Bâtiment 630, rue de Noetzlin
Plateau du Moulon
CS80004
91192 - Gif-sur-Yvette Cedex - France)
- UP11 - Université Paris-Sud - Paris 11 (Bâtiment 300 - 91405 Orsay cedex - France)
- UPD7 - Université Paris Diderot - Paris 7 (5 rue Thomas-Mann - 75205 Paris cedex 13 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR_9213 (France)
- UEVE - Université d'Évry-Val-d'Essonne (Boulevard François Mitterrand 91025 Evry Cedex - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR_1403 (France)
11
Key Laboratory of Horticultural Plant Biology (China)
- Huazhong Agricultural University (Wuhan 430070 People’s Republic of China - China)
12
LEHNA - Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (Université Claude Bernard Lyon 1
3-6, rue Raphaël Dubois - Bâtiments Darwin C & Forel, 69622 Villeurbanne Cedex
43, Boulevard du 11 novembre 1918
ENTPE
3, rue Maurice Audin
69518 Vaulx-en-Velin - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : USC1369 (France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5023 (France)
- ENTPE - École Nationale des Travaux Publics de l'État (3, rue Maurice Audin - 69518 Vaulx-en-Velin Cedex - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
13
IMBE - Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (Aix Marseille Université, Campus Etoile, Faculté St-Jérôme case 421 Av. . escadrille Normandie-Niemen 13397 MARSEILLE CEDEX 20 - France)
- AU - Avignon Université : UMR7263 (74 rue Louis Pasteur - 84 029 Avignon cedex 1 - France)
- AMU - Aix Marseille Université : UMR7263 (Aix-Marseille Université Jardins du Pharo 58 Boulevard Charles Livon 13284 Marseille cedex 7 - France)
- Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237 : UMR7263 (France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR7263 (France)
14
IBMP - Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP - CNRS 12 Rue du général Zimmer 67084 STRASBOURG CEDEX - France)
- UNISTRA - Université de Strasbourg (4 rue Blaise Pascal - CS 90032 - 67081 Strasbourg cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UPR2357 (France)
15
ZMBP - Zentrum für Molekularbiologie der Pflanzen (Auf der Morgenstelle 1, D-72076 Tübingen - Germany)
- Eberhard Karls Universität Tübingen ( Geschwister-Scholl-Platz 72074 Tübingen - Germany)
Abstract : Roses have high cultural and economic importance as ornamental plants and in the perfume industry. We report the rose whole-genome sequencing and assembly and resequencing of major genotypes that contributed to rose domestication. We generated a homozygous genotype from a heterozygous diploid modern rose progenitor, Rosa chinensis ‘Old Blush’. Using single-molecule real-time sequencing and a meta-assembly approach, we obtained one of the most comprehensive plant genomes to date. Diversity analyses highlighted the mosaic origin of ‘La France’, one of the first hybrids combining the growth vigor of European species and the recurrent blooming of Chinese species. Genomic segments of Chinese ancestry identified new candidate genes for recurrent blooming. Reconstructing regulatory and secondary metabolism pathways allowed us to propose a model of interconnected regulation of scent and flower color. This genome provides a foundation for understanding the mechanisms governing rose traits and should accelerate improvement in roses, Rosaceae and ornamentals.
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Journal articles
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01798003
Contributor : Manuel Le Bris <>
Submitted on : Wednesday, May 27, 2020 - 3:13:22 AM
Last modification on : Tuesday, July 20, 2021 - 5:20:05 PM
Contributor : Manuel Le Bris <>
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Last modification on : Tuesday, July 20, 2021 - 5:20:05 PM
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publi18-lipm-016_1.pdf
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Licence
Distributed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License
Identifiers
- HAL Id : hal-01798003, version 1
- DOI : 10.1038/s41588-018-0110-3
- IRD : fdi:010073063
- PRODINRA : 428606
- PUBMED : 29713014
- WOS : 000433621000003
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Citation
Olivier Raymond, Jerome Gouzy, Jérémy Just, Hélène Badouin, Marion Verdenaud, et al.. The Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses. Nature Genetics, Nature Publishing Group, 2018, 50 (6), pp.772-777. ⟨10.1038/s41588-018-0110-3⟩. ⟨hal-01798003⟩
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