Journal articles
The bio.tools registry of software tools and data resources for the life sciences
Jon Ison 1 Hans Ienasescu 1 Piotr Chmura 2 Emil Rydza 2 Hervé Ménager 3 Matúš Kalaš 4 Veit Schwämmle 5 Bjorn Grüning 6 Niall Beard 7 Rodrigo Lopez 8 Severine Duvaud 9 Heinz Stockinger 9 Bengt Persson 10 Radka Svobodová Vařeková 11 Tomáš Raček 11 Jiří Vondrášek 12 Hedi Peterson 13 Ahto Salumets 13 Inge Jonassen 4 Rob Hooft 14 Tommi Nyrönen 15 Alfonso Valencia 16 Salvador Capella 17 Josep Gelpí 17 Federico Zambelli 18 Babis Savakis 19 Brane Leskošek 20 Kristoffer Rapacki 1 Christophe Blanchet 21 Rafael Jimenez 22 Arlindo Oliveira 23 Gert Vriend 24 Olivier Collin 25 Jacques van Helden 26 Peter Løngreen 1 Søren Brunak 1
25
Plateforme bioinformatique GenOuest [Rennes]
UR1 - Université de Rennes 1, Plateforme Génomique Santé Biogenouest®, Inria Rennes – Bretagne Atlantique , IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE
Jon Ison 1
Author
ORCID : 0000-0001-6666-1520IdRef : 171851056
Hans Ienasescu 1
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Piotr Chmura 2
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Emil Rydza 2
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Hervé Ménager 3
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IdHAL : herve-menagerORCID : 0000-0002-7552-1009IdRef : 120930595
Matúš Kalaš 4
Author
ORCID : 0000-0002-1509-4981
Veit Schwämmle 5
Author
Bjorn Grüning 6
Author
Bengt Persson 10
Author
Radka Svobodová Vařeková 11
Author
Tomáš Raček 11
Author
Jiří Vondrášek 12
Author
Federico Zambelli 18
Author
Babis Savakis 19
Author
Brane Leskošek 20
Author
Kristoffer Rapacki 1
Author
Olivier Collin 25
Author
IdHAL : olivier-collinORCID : 0000-0002-8959-8402IdRef : 147370140
Jacques van Helden 26
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IdHAL : jacques-van-heldenORCID : 0000-0002-8799-8584IdRef : 157556387
Peter Løngreen 1
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Søren Brunak 1
Author
1
DTU - Danmarks Tekniske Universitet = Technical University of Denmark (Anker Engelunds Vej 1 , Bygning 101A , 2800 Kgs. Lyngby - Denmark)
2
UCPH - University of Copenhagen = Københavns Universitet (Nørregade 10, 1165 København, Danemark - Denmark)
3
Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB (Département de biologie computationnelle (ex C3BI), 25-28 rue du Docteur Roux, 75724 Paris cedex 15 - France)
- Institut Pasteur [Paris] (25-28, rue du docteur Roux, 75724 Paris cedex 15 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : USR3756 (France)
4
UiB - University of Bergen (Universitetet i Bergen | Postboks 7800, NO-5020 Bergen - Norway)
5
SDU - University of Southern Denmark (5320 Odense - Denmark)
6
Albert-Ludwigs-Universität Freiburg (Georges-Köhler Allee 51 79110 Freiburg im Breisgau (Germany) - Germany)
7
University of Manchester [Manchester] (Oxford Rd, Manchester M13 9PL - United Kingdom)
8
EMBL-EBI - European Bioinformatics Institute [Hinxton] (EMBL-EBI, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SD, UK - United Kingdom)
- EMBL Heidelberg (Meyerhofstraße 1 69117 Heidelberg - Germany)
9
SIB - Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (Quartier UNIL-Sorge Bâtiment Génopode CH-1015 Lausanne - Switzerland)
- UNIL - Université de Lausanne = University of Lausanne (CH-1015 Lausanne - Switzerland)
10
Uppsala University (Box 256, SE-751 05 Uppsala - Sweden)
11
CEITEC MU - Central European Institute of Technology [Brno] (Masaryk University,
Kamenice 753/5
625 00 Brno - Czech Republic)
- BUT - Brno University of Technology [Brno] (Antonínská 548/1 601 90 Brno Czech Republic - Czech Republic)
12
CAS - Czech Academy of Sciences [Prague] (Národní 3, 117 20 Prague 1 - Czech Republic)
13
University of Tartu (University of Tartu, Ülikooli 18, 50090 TARTU - Estonia)
14
Dutch Techcentre for Life Sciences [Utrecht] (Jaarbeursplein 6, 3521 AL Utrecht - Netherlands)
15
CSC-IT - Center for Science (P.O.Box 405, FIN-02101 Esbo - Finland)
- CSC-IT Center for Science (France)
16
ICREA - Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats (Passeig Lluís Companys 23, 08010 Barcelona - Spain)
17
BSC - CNS - Barcelona Supercomputing Center - Centro Nacional de Supercomputacion (Torre Girona c/ Jordi Girona, 31, 08034 Barcelona - Spain)
18
UNIMI - Università degli Studi di Milano = University of Milan (Via Festa del Perdono 7 - 20122 Milano - Italy)
19
BSRC - Biomedical Sciences Research Centre Alexander Fleming [Vari, Greece] (34 Fleming Street 16672, Vari - Greece)
20
University of Ljubljana (Kongresni trg 12, 1000 Ljubljana - Slovenia)
21
IFB-CORE - Institut Français de Bioinformatique - UMS CNRS 3601 (Institut Français de Bioinformatique - UMS CNRS 3601
F- Gif-sur-Yvette - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMS1385 (France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives : DSV (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMS3601 (France)
22
ELIXIR Hub [Cambridge] (Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton,
Cambridge
CB10 1SD - United Kingdom)
23
INESC-ID - Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa (Rua Alves Redol 9 - Apartado 13069 - 1000-029 Lisboa - Portugal)
- IST - Instituto Superior Técnico, Universidade Técnica de Lisboa (Av. Rovisco Pais, 1 1049-001 Lisboa - Portugal)
- INESC - Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores (Rua Alves Redol, n. 9 1000-029 Lisboa - Portugal)
24
Nijmegen Medical Centre [Nijmegen] (Geert Grooteplein Zuid 6525, 6525 GA Nijmegen - Netherlands)
25
Plateforme bioinformatique GenOuest [Rennes] (France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- Plateforme Génomique Santé Biogenouest® (France)
- Inria Rennes – Bretagne Atlantique (Campus de beaulieu
35042 Rennes cedex - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (France)
- IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (Avenue du général Leclerc
Campus de Beaulieu
35042 RENNES CEDEX - France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- INSA Rennes - Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (20, avenue des Buttes de Coësmes - CS 70839 - 35708 Rennes cedex 7 - France)
- UBS - Université de Bretagne Sud (BP 92116 - 56321 Lorient cedex - France)
- ENS Rennes - École normale supérieure - Rennes (Campus de Ker Lann - avenue Robert Schuman - 35170 Bruz - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- CentraleSupélec (3, rue Joliot Curie, Plateau de Moulon, 91192 GIF-SUR-YVETTE Cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6074 (France)
- IMT Atlantique - IMT Atlantique (Campus Brest : Technopôle Brest-Iroise CS 8381829238 BREST Cedex 3 -
Campus Nantes : 4, rue Alfred Kastler- La chantrerie 44300 NANTES -
Campus Rennes : 2 Rue de la Châtaigneraie, 35510 CESSON SEVIGNE - France)
- IMT - Institut Mines-Télécom [Paris] (37-39 Rue Dareau, 75014 Paris - France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (Avenue du général Leclerc
Campus de Beaulieu
35042 RENNES CEDEX - France)
26
TAGC - Theories and Approaches of Genomic Complexity (Parc scientifique de Luminy - 163 avenue de Luminy 13288 Marseille cedex 9 - France)
- AMU - Aix Marseille Université (Aix-Marseille Université Jardins du Pharo 58 Boulevard Charles Livon 13284 Marseille cedex 7 - France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : U1090 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
Abstract : Bioinformaticians and biologists rely increasingly upon workflows for the flexible utilization of the many life science tools that are needed to optimally convert data into knowledge. We outline a pan-European enterprise to provide a catalogue ( https://bio.tools ) of tools and databases that can be used in these workflows. bio.tools not only lists where to find resources, but also provides a wide variety of practical information.
Document type :
Journal articles
Complete list of metadata
https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-02408472
Contributor : Lionel Spinelli Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Friday, December 13, 2019 - 9:04:31 AM
Last modification on : Wednesday, November 23, 2022 - 4:16:11 AM
Long-term archiving on: : Saturday, March 14, 2020 - 1:42:11 PM
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Long-term archiving on: : Saturday, March 14, 2020 - 1:42:11 PM
File
bio.toolsRegistry.pdf
Publication funded by an institution
Licence
Distributed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License
Identifiers
- HAL Id : hal-02408472, version 1
- DOI : 10.1186/s13059-019-1772-6
- PUBMED : 31405382
- PUBMEDCENTRAL : PMC6691543
Collections
PASTEUR | CEA | UNIV-RENNES1 | CNRS | INRIA | UNIV-AMU | INSA-RENNES | INRA | IRISA | CENTRALESUPELEC | UR1-MATH-STIC | UR1-UFR-ISTIC | CEA-DRF | UNIV-RENNES | INRAE | UR1-MATH-NUM
Citation
Jon Ison, Hans Ienasescu, Piotr Chmura, Emil Rydza, Hervé Ménager, et al.. The bio.tools registry of software tools and data resources for the life sciences. Genome Biology, 2019, 20 (164), pp.1-4. ⟨10.1186/s13059-019-1772-6⟩. ⟨hal-02408472⟩
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